Debido a la progresiva deforestación de la Sierra Tarahumara, que ha provocado periodos de sequía y la erosión del suelo, disminuyen las cosechas en las comunidades indígenas. Esto conlleva hambrunas y requiere el suministro de alimentos en casos de emergencia.
Para resolver este problema a largo plazo, la Alianza Sierra Madre imparte talleres en los pueblos indígenas sobre agricultura y horticultura sostenible y respetuosa con el medio ambiente. Se transmiten conocimientos sobre la instalación de huertos e invernaderos, el uso del abono orgánico, una expansión responsable de las tierras cultivables así como también sobre medidas para la prevención de incendios forestales los que, debido a un largo periodo de sequía, se han convertido en un problema serio. En los talleres no solo se transmiten técnicas modernas de la agricultura orgánica. Más bien, estos se enfocan en la revitalización de los conocimientos tradicionales sobre el manejo respetuoso de los recursos naturales, conocimientos que se están perdiendo paulatinamente desde la llegada de la civilización occidental a la región.
Otro proyecto tiene como objetivo la protección de los diferentes tipos de maíz nativos. En la actualidad se están estudiando las posibilidades para declarar las semillas de estos tipos de maíz oficialmente como propiedad intelectual de los pueblos indígenas del Estado de Chihuahua.