La Alianza Sierra Madre persigue una filosofía de autoayuda. A las comunidades indígenas no se les imponen planes ni conceptos preconcebidos. Es más, primero se imparten talleres de varios días en los cuales los participantes ― jóvenes, mujeres y hombres ― presentan sus problemas,
desarrollan ideas para solucionarlos y determinan sus necesidades. Así, las comunidades indígenas son los protagonistas del proceso, al elaborar conceptos de desarrollo propios basados en los conocimientos tradicionales arraigados en su cultura.Los temas tratados en estos talleres son variados: Son temas como la violencia y su prevención, las drogas, la salud y los derechos de la mujer, la protección del medio ambiente y la agricultura sostenible, así como el cambio cultural en las comunidades indígenas.